Под библиотекой есть тоннели. История про них непосредственно не связана с домом Бонисагус, но связана с темными тайнами этого места. Когда-то главная библиотека страны носила имя Ленина, а с 1992 года стала Российской. Здесь хранится более 47 миллионов книг, но под землей скрывается кое-что еще. Комплекс зданий стали строить в 1929 году, тогда же был основан Орден Советских Розенкрейцеров. Здание мгновенно было заполнено книгами практически под крышу. Потолки тут низкие, а вот перекрытия могут выдерживать вес тысяч книг.
Говорят, в 30-х годах по стенам строящейся библиотеки пошли трещины. Сначала думали, что это из-за строящейся линии метро. Строители очень переживали, что ни одну из строек при этом нельзя закрыть — были времена Сталина. Но, к счастью поняли, что дело не в метро, а в наличии под землей построек. Дело в том, что здание библиотеки возводили на месте старого опричного двора. Нашли даже подземелья, в 16 веке принадлежащие этому комплексу, и белокаменные ступени винтовой лестницы, уходящей на минусовые уровни. Возможно, лестница вела в места, связанные Иваном Грозным и с Брюсом. Обследовать лестницу не удалось, и ее залили бетоном.
В 90-е библиотека претерпевала реорганизацию и разграбление. Тогда стали ходить в цокольный этаж и нашли места, где подвал библиотеки примыкал к катакомбам, вскрыли бетон и нашли проходы вниз. Но авантюра исследователей не увенчалась успехом. Один из кладоискателей сообщил, что его подельники ушли вниз по подземным коммуникациям, предположительно XVI века, и просто не вернулись. Органы правопорядка взялись изучать проблему, несколько работников коммунальных служб спускались по тросам, и постройки начали рушиться. Было принято решение, что исследование крайне рискованно — обрушения неизбежны. Внутри подвала появилась трещина. Было принято решение пропавших не искать и забетонировать (в желтой прессе выходили душераздирающие статьи, как коммунальщики замуровали пропавших людей внизу живьем). Малоизвестный факт, что само бетонирование проходило довольно плохо, потому что имел место дефицит бюджета, трещины засыпали дешевой плохо разведенной смесью. Сейчас смесь изъелась и есть два выхода в подвалах, перекрытые шкафами, чтоб не защитить вход от случайных любопытных. Там можно спуститься в белокаменные палаты опричников.
Многие экскурсанты пробовали проникнуть внутрь тайно, и им в основном не хватало света фонарей, потому что там очень и очень темные подземелья. Мало кому достает мужества спуститься и не впасть в панику и выжить. Эти подземелья отличает то, что вековое колдовство дома Бонисагус пропитало землю, на которой стоит библиотека, и сила знаний дошла до самого основания холма, на котором расположена библиотека. Грунтовые воды, газы и прочие свойства подземелья Москвы не имеют здесь силы, и это редкое место, где и правда можно попробовать спуститься вниз и найти что-то, относящееся к XVI веку. Бывали некоторые инциденты, с самодеятельными спусками, в них участвовала, например, Джин Хо. Странный и удивительный факт, которым никто не пользуется, но вниз можно пройти совершенно легально — через запрос в Библиотеку.